2020-02-24

华大基因利用英伟达TeslaGPU解决DNA海量数据问题

  2011 年 12 月 14 日 - 中邦北京 - GPU 本事大会亚洲站 - 华大基因是环球最大的基因组咨询机构,英伟达NVIDIA) 公司这日揭橥,该咨询机构欺骗基于英伟达 Tesla GPU 的任事器群大幅缩短了就业年光,使说明大宗 DNA 序列数据的年光从快要四天缩短至短短六个小时。

  华大基因高功能盘算操纵主管王丙强暗示:“咱们正消除正在高通量测序仪每天所爆发的基因数据当中。因为基因组说明操纵措施杀青了 GPU 加快,于是咱们的科学家可以以亘古未有的速率完结对这些数据的惩罚,长远明白细菌、植物以及人类的基因奇奥。它让专业的咨询职员以及医疗就业家可以寻得行之有用且掌管得起的特性化药物以及调治手段。”

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  咨询职员须要以掌管得起的价钱确定率领遗传新闻 DNA 的碱基对序列,这一速率晋升正在这方面迈出了闭节性的一步。对基因组学行业杀青 1,000 美元基因组的标的来说,这一点至闭要紧。假如杀青这一标的,基因组学即可用于临床诊断试验,成为病患调治的平时妙技。

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  从植物与大肠杆菌到大熊猫,华大基因对百般性命式子的基因组举行测序和全数的基因组科学咨询,这些开创性就业的主意是开拓更好的药物、革新医疗以及更正农作物。华大基因的测序才智估计很速即可进步每年700,000部分类基因确当量。与最初破费 13 年年光才完结一个基因组的定序比拟,这无疑是一次大幅的晋升。

  华大基因的咨询职员与团结职员曾经开拓出三款基因组数据说明操纵措施,这些操纵措施均可由英伟达 Tesla GPU 来加快:

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  oGAMA (高辨别率基因型说明器材) -- 寻得特定基因变种的发作散布或频率,比方一组基因中的眼睛颜色或前线腺癌偏向。

  英伟达 Tesla GPU 是基于英伟达 (NVIDIA) CUDA 并行盘算架构的大周围并行加快器。通过行使 CUDA C、CUDA C++ 和 CUDA Fortran 等讲话或行使基于指令、简易易用的编译器,操纵措施开拓职员即可加快其操纵措施。

  oSOAP3 比对操纵措施 -- 将测序仪爆发的短DNA序列与现有的参考基因组序列举行比拟。通过 GPU 加快,SOAP3 比对措施正在数十秒内即可正在每一百万次解码中寻得三个不立室的比对,而未杀青 GPU 加快时,该历程须要耗时数分钟之久。为了比拟之前已定序和咨询过的基因组,咨询职员须要对单个基因组举行测序和拼装。这种加快意味着,可能疾速实施单个基因组的测序说明,以明白潜正在的另日疾病状况和调治手段。

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  oGSNP (SNP 检测) -- 它是 SOAPsnp 软件的 GPU 加快版本,该软件操纵渊博,可检测基因组 DNA 中单个核甘酸众态性 (SNP) 的变种。这些变种可用来咨询人们生病的分歧以及对细菌、病毒和药物的反映。

  环球最大的基因组咨询机构欺骗 GPU 来发展研发低价特性药物的前驱性就业

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  英伟达 Tesla 奇迹部司理 Sumit Gupta 暗示:“科学界思要杀青 1,000 美元基因组这一里程碑,独一的手段是欺骗符合的本事,这些本事可以令 DNA 数据说明变得更轻松、更疾速、价钱更低。GPU 盘算让咨询职员可以正在己方的科学操纵中杀青改革行业相貌的速率晋升,有助于为各样闭节咨询项目下降本钱和丰富度。”

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